O game coloca você na pele de Lyra com a missão de resgatar seu tio aprisionado e seu melhor amigo, que foi seqüestrado. Ao lado dela, na aventura, estão seu espírito demoníaco, Pan, e Iorek, um gigante e poderoso urso, além da misteriosa Bússola Dourada. Lyra precisa atravessar uma terra mágica, evitando seus perigos, enquanto Iorek a protege, superando obstáculos e inimigos. Já Pan tem a habilidade de assumir a forma de quatro diferentes criaturas.